Formation : après avoir obtenu un diplôme en contrôle de gestion à l'Institut national de gestion prévisionnelle et de contrôle de gestion d'Angers, Jean-Charles Thomas est entré au Grand séminaire de Luçon, avant de poursuivre sa formation au Séminaire français de Rome, obtenant une licence de théologie à l'Université pontificale grégorienne. Par la suite il a complété sa formation par un diplôme de l'Institut supérieur de pastorale catéchétique de Paris.

Nommé évêque auxiliaire d'Aire et Dax le 13 mars 1972, il a été consacré le 1er mai de la même année par Monseigneur Paty, évêque de Luçon (Vendée). Il a ensuite été nommé évêque d'Ajaccio le 4 février 1974, puis évêque coadjuteur de Versailles le 23 décembre 1986. Il est devenu évêque diocésain le 4 juin 1988 et s'est retiré de ses fonctions le 11 janvier 2001, pour raison d'âge.