La commune de Saint Martin des Noyers est située au centre de la Vendée, à égale distance de la côte atlantique et des Deux Sèvres, de la Loire Atlantique et de la Charente Maritime. Elle est limitrophe des communes de : Essarts en Bocage (7.9 kms), Sainte-Cécile (6.1 kms), Saint Hilaire le Vouhis (6.6 kms), Fougeré (9.9 kms), La Chaize le Vicomte (11.9 kms), La Ferrière (11.9 kms), La Merlatière (11.7 kms).

Deux rivières prennent leur source sur son territoire : l’Yon dans la forêt du Détroit se jette dans le Lay à Champ Saint Père (Vendée) ; la Boulogne près de la Grande Goupillère se jette dans le lac de Grandlieu (Loire-Atlantique).

Le bourg de Saint Martin est situé dans un talweg desservi par les routes départementales numéros : 7 (de Luçon à Rocheservière), 47 (de Sainte Cécile à La Merlatière), 52 (de La Ferrière à Bournezeau), 60 (de l’Oie à St Michel en l’Herm).

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