Formation : après avoir obtenu un diplôme en contrôle de gestion à l'Institut national de gestion prévisionnelle et de contrôle de gestion d'Angers, Jean-Charles Thomas est entré au Grand séminaire de Luçon, avant de poursuivre sa formation au Séminaire français de Rome, obtenant une licence de théologie à l'Université pontificale grégorienne. Par la suite il a complété sa formation par un diplôme de l'Institut supérieur de pastorale catéchétique de Paris.

Principaux ministères : Après des premiers ministères comme vicaire à Montaigu et aux Sables-d'Olonne, il a assumé des responsabilités au niveau du diocèse de Luçon comme directeur de l'enseignement religieux de 1957 à 1962, puis directeur de l'enseignement catholique de 1962 à 1969, puis archidiacre de La Roche-sur-Yon.